Die beste vorbeugende Maßnahme gegen Komplikationen ist das richtige Essverhalten. Wenn das Essverhalten nicht richtig umgestellt wurde oder die Öffnung zwischen Vormagen und Restmagen zu eng eingestellt wurde, kann es zu einer Aufdehnung des Vormagens kommen, der so genannten "Pouchdilatation". Selten kann eine Umstülpung des Magenbandes auftreten.
Wird das Essen nicht ausreichend gut gekaut oder wird zu faserreiche Nahrung aufgenommen, kann es zu einem Verschluss der Öffnung kommen.
Darüber hinaus sind Infektionen des Magenbandes und der Portkammer möglich. Die Komplikationen treten insgesamt sehr selten auf und können in der Regel alle gut behandelt werden.